La Secretaría Permanente de EAMI se establece en el III Encuentro celebrado en octubre en 1999 en Madrid, organizado por la Agencia Española del Medicamento creada por la Ley 66/1997 y coincidiendo con su puesta en funcionamiento. Se designó a la Agencia Española para mantener una Secretaría Técnica de coordinación del grupo EAMI.

En el V Encuentro celebrado en Brasil en 2004, se decide que Portugal y España sean los miembros permanentes del Secretariado, y se una un país de América Latina con carácter rotativo, coincidiendo con el país anfitrión designado por el Grupo, y manteniendo en lo posible la alternancia de los países a un lado y otro del Atlántico.